Комп'ютерні інформаційні системи належать до класу складних систем, які містять у собі багато різноманітних елементів, що взаємодіють. Тому при створенні комп'ютерних ІС потрібно визначати їх структуру.

Загалом під структурою комп'ютерної ІС розуміють характеристику внутрішнього стану системи, опис постійних зв'язків між її елементами.

При описуванні ІС використовують кілька видів структур, які різняться типами елементів та зв'язків між ними, зокрема функціональні, технічні, організаційні, документальні, алгоритмічні, програмні та інформаційні структури.

функціональна структура - це структура, елементами якої є підсистеми (компоненти), функції ІС або її частини, а зв'язки між елементами - це потоки інформації, що циркулює між ними під час функціонування ІС.

Технічна структура - це структура, елементами якої с обладнання комплексу технічних засобів ІС, а зв'язки між елементами відбивають інформаційний обмін.

Під організаційною розуміють структуру, елементами якої є колективи людей і окремі виконавці, а зв'язки між елементами - інформаційні, субпідрядності та взаємодії.

Документальна структура - це структура, елементами якої є неподільні складові і документи ІС, а зв'язки між елементами - взаємодії, вхідності і субпідрядності.

Елементами алгоритмічної структури є алгоритми, а зв'язки між алгоритмами реалізуються за допомогою інформаційних масивів.

У програмній структурі зв'язки між елементами також реалізуються у вигляді інформаційних масивів, а елементами структури програмні модулі.

Інформаційна структура - це структура, елементами якої с форми існування і подання інформації у системі, а зв'язки між ними - операції перетворення інформації в системі. Елементами інформаційної структури можуть бути також інформаційні масиви, а зв'язками - операції роботи з масивами: ввід, коригування, перегляд, знищення і т. ін.

Глибина розподілу інформаційної системи, тобто склад і зміст її елементів можуть суттєво різнитися залежно від мсти, поставленої перед конкретною інформаційною системою. Крім того, склад елементів за інших однакових умов залежить від сфери дії ІС. Повної і загальноприйнятої класифікації елементів ІС досі не існує. Але практика їх функціонування показує, що майже в усіх ІС вирізняють такі елементи, як «функція ІС» і «компонент (підсистема) ІС».