Незалежно від конкретних етапів та підетапів системного дослід­ження існують основні структурні елементи, основна послідовність «мета — способи досягнення мети — ресурси». Мета зазвичай структурується у вигляді дерева (мультидерева) цілей, про що ми будемо говорити пізніше. 

В загальному випадку для побудови сис­теми та керування нею необхідна реалізація наступних етапів:

@ визначення проблеми;

@ ідентифікація призначення системи;

@ ідентифікація змінних та взаємних зв 'язків між ними;

@ ідентифікація функцій та структури сис­теми;

@ ідентифікація оточення (середовища існу­вання) системи;

@ генерація та визначення пріоритетів альтернативних потоків;

@ оцінювання ресурсів, необхідних для реалізації кожного з можливихваріантів;

@ визначення наявності ресурсів;

@ оцінка ефективності варіантів та вибір прийнятної альтернативи, яка може бути реалізована з урахуванням існуючих обмежень;

@реалізація (впровадження) обраної альтернативи та корегування плану.

         Існує багато  поглядів на черговість виконання певних робіт у ході системного аналізу. В таблиці 7.1 наведено декілька варіантів порядку розв’язання проблем.

Таблиця 7.1. Етапи системного розв'язання проблем

Послідовність етапів Стенфорда Оптнера відображає основи аме­риканської школи системного аналізу (Бернард Радвік, Еріх Квейд), яка зорієнтована, насамперед, на оцінювання та відбирання конкрет­них проектів систем (систем озброєння, планів капіталовкладень за замовленнями уряду, промислових систем). Натомість у розумінні Стенлі Юнга, яскравого представника школи системного проектування та управління організаціями, СА є стрижнем структури організації та постійний метод її роботи.

На грунті основних наведених понять та термінів, що викорис­товуються при дослідженні складних систем, будуються загальні способи використання цих понять у вигляді методологій систем­ного дослідження, що у свою чергу включають певну послідов­ність кроків.

Різні автори схильні різним чином визначати послідовність та наз­ви етапів системного дослідження, але за цим для всіх них характер­ним є єдність поглядів та принципова єдність підходів до поділу СА на етапи.