Методологія — це базове начало системного аналізу (СА). Во­на включає визначення понять, що використовуються, принципи системного підходу, а також постановку та загальну характе­ристику основних проблем організації системних досліджень. Ви­значення в методології подаються звичайно на словесно-інтуїтив­ному рівні і, зазвичай, мають властивість конструктивності.

 Методологія визначає основні керуючі положення для оцінюван­ня та обрання системи, що досліджується, кроки досліджування, їх послідовність, правила розподілення та при­значення методів.

 Звернемо увагу на такі поняття методології системного аналізу як метод, нотації та засоби.

 Метод — це систематична процедура або техніка генерації описань компонентів системи (наприклад, проектування потоків та структур даних).

- Нотації призначені для описання структури системи, елемен­тів даних, етапів опрацювання та включають графи, діаграми, таблиці, блок-схеми, формальні та природні мови.

- Засоби — це інструментарій для підтримання та посилення методів. Ці інструменти підтримують роботу користувачів у процесі створення та редагування графічного проекту в інтерак­тивному режимі, вони сприяють організації проекту в вигляді іє­рархії рівнів абстракції, реалізують перевірки компонентів на відповідність.

 Методологія для побудови та розв'язання системних проблем са­ма повинна бути системною, а саме:

- скеровувати осіб, що приймають рішення (ОПР), до пояснення вза­ємодії елементів у системі, розуміючи й те, що деякі елементи мо­жуть діяти незалежно від інших;

- виявляти та пояснювати тенденції до більшої спеціалізації та змен­шення зв 'язності елементів системи;

- ідентифікувати та впорядковувати домінуючі елементи перед описан­ням системи як єдиного цілого, орієнтувати на використання обмеже­них ресурсів насамперед для управління домінуючими елементами;

- при збиранні інформації про систему використовувати творчі здібності ОПР для визначення бажаного призначення та структури системи, ідентифікації складових частин та формуван­ня альтернативних стратегій втручання;

- орієнтувати на остаточний результат, полегшуючи порівняння аль­тернатив з метою вибору найприйнятнішої;

-                    включати механізм оберненого зв'язку з метою аналізу негативної ентропії, еволюції та стійкості; як відкрита система методологія повинна використовувати інформацію з зовнішнього середовища для перевірки правильності управління системою та модифікації її при­значення або дозволяти імітувати реакції зовнішнього середовища.

 При дослідженні та конструюванні систем виникають наступні дві основні проблеми.

1. Проблема побудови. Яким чином при заданих макроцілях та цілях побудувати систему, яка їх успішно реалізує? Ця проблема розв'я­зується шляхом модифікації як конструкції системи, так і цілей і макро цілей з врахуванням існуючих обмежень до моменту досягнен­ня сумісності і по суті є проблемою, яка розв'язується шляхом стратегічного планування.

2. Проблема керування. Яким чином необхідно керувати системою, моди­фікувати її структуру та потоки для реалізації нею свого призна­чення таким чином, щоб забезпечити динамічну стійкість? Приклад — керування суспільством з взаємодіючими економічним, соціальним та політичним потенціалами для його динамічної стабілізації.